秦琼有没有参加玄武门之变，他是忠于李渊还是忠于李世民，这些问题多年来一直没有大家都认可的答案，但是有一点可以肯定：李渊给秦琼的封赏，李世民给不起也不会给，给了秦琼也不敢要——上柱国是武将最高勋位，国公是异姓功臣最高爵位（想当郡王就得改姓李，比如燕郡王罗艺就改成了李艺，李渊想封徐世勣之父为郡王，先赐姓李），李世民已经拿不出更高官爵酬谢秦琼了。
我们细看两唐书和资治通鉴，就会发现玄武门之变后，李世民和秦琼的君臣关系已经走到了三岔路口：摆在他们面前的只有三条路，他们如何选择，需要一定的政治智慧，如果秦琼不称病远离朝堂，李世民肯定会想办法对付他。
玄武门之变前，尉迟敬德和程咬金都对李世民表了忠心，偏偏秦琼一言不发，太子建成推荐齐王元吉出征，点将是挑选的第一人就是秦琼：“突厥郁射设入围乌城，建成荐元吉北讨，乃多引秦王府骁将秦叔宝、尉迟敬德、程知节、段志玄与行，又籍秦府精兵益麾下。帝知之，不能禁。《新唐书·卷七十九·列传第四》”
建成元吉想削弱秦王世民的实力，唐高祖李渊知情并默许，尉迟敬德和程咬金（知节）都看出来了，并且都跑到李世民面前表示反对，这在《旧唐书》列传第十八和《新唐书》列传第十四、第十五中均有记载，但是偏偏不见点将榜排名第一的秦琼有半句反对之声。
《资治通鉴·卷一百九十一·唐纪七》的记载跟两唐书差不多：“元吉乃谮敬德于上（李渊），下诏狱讯治，将杀之。世民固请，得免。又谮左一马军总管程知节，出为康州刺史。”
建成元吉收买尉迟敬德不成而派死士行刺未果，收买段志玄不成而无可奈何，这在史料中都有明确记载，但是遍翻玄武门之变前后的本纪、列传和实录，都找不到建成元吉收买或陷害秦琼的记录，只有率更令（全称为太子率更寺令，从四品上，掌宗族次序、礼乐、刑罚及漏刻之政令）王晊密报而未知真伪的建成与元吉暗室密谋：“兵行，吾与秦王至昆明池，伏壮士拉之，以暴卒闻，上无不信。然后说帝付吾国，吾以尔为皇太弟，而尽击杀叔宝等。《新唐书》”
《旧唐书》与《新唐书》记载略有不同，告密的王晊是从七品上的率更丞，必杀名单上的头一名变成了尉迟敬德：“敬德等既入汝手，一时坑之，孰敢不服？”
《旧唐书》成书于后晋开运二年（年），《新唐书》于北宋仁宗嘉祐五年（年）完成，两者相差一倍一百一十五年，哪一本更可信，或者说王晊的密报有几分真实性，读者诸君心中自然有杆秤。
无论是官修正史还是经朝廷审阅批准的墓志铭，都找不到秦琼在玄武门之变后受到格外封赏的记载，尉迟敬德从无爵位、从四品下的秦王府左二副护军（时秦王、齐王府官之外，又各置左右六护军府及左右亲事帐内府。其左一右一护军府护军各一人，正第四品下，副护军各二人，从四品下）变成实封千三百户的从一品吴国公，又升任右武候大将军（正第三品武职官，与侍中、中书令、六部尚书等文职官平级），还得到了齐王元吉的全部家产：“赐绢万匹，齐王府财币器物，封其全邸，尽赐敬德。”
尉迟敬德因玄武门之变有大功，爵位从无到顶（异姓最高封郡王，郡王与开国公一样，都是从一品），官职连升五级（唐初官制，三品以上只分正从，四品以下正从又分上阶、下阶），不但得到了国公的永业田和职分田，还得到了一位亲王的全部家产，自然是一夜爆发，程咬金也没少捞实惠。
《大唐故骠骑大将军卢国公程使君墓志》显示，因为在玄武门之变中表现突出，程咬金不但得到了和秦琼一样的上柱国勋位（比正二品，为勋官最高阶），还从李世民那里捞了一大堆宝贝：“事宁之后，颁乎大赉，赏绢六千匹、骏马二匹、并金装鞍辔及金胡瓶、金刀、金碗等物，加上柱国，授东宫左卫率。寻拜右武卫大将军。”
秦琼的传记，只说他在平定建成元吉之后受封左武卫大将军、食实封七百户，却不在玄武门十功臣名单之中，格外赏赐一点都没有，其后人墓志铭提到了他在美良川之战“禽尉迟敬德”，却没写他在玄武门之变有任何表现，他的“实封七百户”，实际是被削减了食邑：程咬金墓志铭和《唐六典·卷二·尚书吏部》都明确写着李渊时期的国公们的食邑是三千户。李世民一继位就封了大量国公，食邑不够分，就拆东墙补西墙，秦琼和程咬金都被削去了二千三百户食邑，长孙无忌、房玄龄、杜如晦、尉迟敬德每人都到了一千三百户。
秦琼升任左武卫大将军，那只是新君即位的普调而已，根本就算不上封赏，于是被削减了食邑的秦琼“病了”：“其后每多疾病，十二年卒，赠徐州都督，陪葬昭陵。太宗特令所司就其茔内立石人马，以旌战阵之功焉。十三年，改封胡国公。十七年，与长孙无忌等图形于凌烟阁。”
玄武门之变后李世民掌握了实权并接受禅让登基称帝，秦琼此后就再无表现，直到他于贞观十二年辞世，才被李世民给予了格外礼遇：贞观十一年后辞世的大唐开国名将，墓前有石人石马的只有秦琼一人——秦琼辞世的前一年，李世民下令立有殊勋的宗室墓前才可以有石人石马，异姓将领均不可以，秦琼属于特例。
秦琼一病十二年，最后却享受到了尉迟敬德和程咬金都不敢奢望的超级葬仪。贞观朝寸功未立的秦琼画像凌烟阁，可能也有很多人会不服气，同时我们也能看到李世民对秦琼，似乎有些愧疚，或者是对秦琼的“病情”心知肚明：你不想见我，我也不想见你，咱们相忘于江湖，朝堂会更安稳一些。
读者诸君都知道，李渊的“禅让”，跟汉禅让于曹家、魏禅让于司马大同小异：前两者是异姓禅让，后者是父子传承，北周天和元年十一月二十四日（年12月21日）出生的李渊，武德九年（年）退位的时候刚满六十岁，退位后又活了九年，说明他辞去皇帝职务的时候，健康并没有问题，复辟也不是没有可能。
李渊当皇帝的时候，最看重的将军，就是秦琼秦叔宝，他给予秦琼的赏赐已经登峰造极：“战美良川，破尉迟敬德，功多，帝赐以黄金瓶，劳之曰：‘卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？’……录前后勋，赐黄金百斤、杂彩六千段，授上柱国……进封翼国公，赐黄金百斤、帛七千段……赏物千段……积赐金帛以千万计。”
除了晋封郡王授天策上将，李世民已经拿不出什么官爵来赏赐秦琼了，至于金银财帛，在秦琼眼里不过是数字和负担而已——李渊络绎不绝送往秦琼府上的东西，十间仓库也装不下，一百年也花不完。
半壶老酒曾经计算过，秦琼受封上柱国和翼国公，可得六十五顷永业田，那是可以子孙继承而不用缴纳租庸调的铁杆庄稼，每年能纯收入一万三千斗粮食：唐制度田以步，五尺为步（度田大尺36厘米，小尺30厘米），其阔一步，其长二百四十步为亩，百亩为顷。爵爷们可以把永业田交给朝廷统一管理，朝廷每亩实给两斗粮。
海纳百川有容乃大，壁立千仞无欲则刚。即使李世民有海纳百川的度量，奈何秦琼对官爵财富已经无欲无求，而且他跟李渊的感情又是那样深厚，这让他和李世民都陷入了尴尬境地。
功高未必震主，但功臣封无可封却是一件麻烦事，于是摆在李世民和秦琼面前就只有三条路，如何抉择，就决定了他们在其后的日子里能否相安无事。
第一条，就是让秦琼像尉迟敬德和程咬金那样带兵，或者出任某州大都督、行军总管，也就是当军区或方面军司令；第二条，是让秦琼这位十六卫大将军之一拥有本部人马驻守京城；第三条，就是秦琼带薪休假，保留他国公、大将军的待遇，但既不掌兵也不管事，每天就捧着李渊赐予的金酒瓶在家哄孩子。
秦琼因病不能上班，肯定是不存在的事情，前面咱们已经说过，玄武门之变前齐王元吉备战突厥，首选大将就是秦琼，如果他健康真有问题，李建成根本就想不到他，李渊也不会默许。
能带兵出征却不能正常上班，显然李世民和秦琼都没有选择第一条路，也没有选择第二条路，秦琼辞世前，“掌宫禁宿卫”的左武卫大将军就换人了，接班者之一就是跟秦琼程咬金一起阵前投唐的牛进达（小说里的尤俊达）：“贞观八年，迁守左卫将军……诏授左武卫将军，加爵为侯。”
在秦琼之后、牛进达之前还有谁当过左武卫将军，熟读两唐书的读者诸君或许知道，但有一点可以肯定，那就是秦琼的左武卫大将军只挂名不管事，李世民并没有让秦琼掌管禁卫军。
不外放带兵，也不掌管京营，看来李世民和秦琼已经达成了共识：你请长假，我批准，工资福利一点都不少，这样你不闹心，我也能安心。
这是一个皆大欢喜的结局，秦琼逍遥自在，李世民称心如意，如果秦琼不称病在家，贞观三年就被李世民从太极宫迁到大安宫而闭门不出的太上皇李渊，可能也会有一些别的想法，再来个“夺门之变”，那可就大大地不妙了。读者诸君请试想一下：如果秦琼在外带兵或守卫京城，以他跟李渊的关系，李世民对他能不有所猜忌防范吗？如果君臣相疑，李世民又会怎样对付秦琼这位无敌悍将？